Oleh: Arif Bimantara, S.Pi., M.Biotech. – Dosen Program Studi Bioteknologi S1 UNISA Yogyakarta
Penyakit Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) disebabkan oleh virus Severe Accute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS Cov-2). Virus ini memiliki materi genetik berupa positive sense RNA untai tunggal, artinya virus ini dapat langsung memproduksi protein tanpa transkripsi terlebih dahulu. Hingga saat ini, metode quantitative Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) merupakan metode paling ampuh yang digunakan dalam deteksi virus penyebab COVID-19. Metode deteksi inilah yang menentukan apakah pasien berstatus positif atau negatif terinfeksi SARS Cov-2. Saat ini baru 35 laboratorium yang dianggap mampu sehingga ditunjuk oleh pemerintah Indonesia untuk deteksi SARS Cov-2 menggunakan metode qRT-PCR.
Pada metode qRT-PCR, materi genetik virus diperbanyak melalui suatu siklus berulang yang terdiri dari beberapa tahapan. Masing-masing tahapan tersebut berlangsung pada suhu yang berbeda dan terjadi di dalam sebuah mesin qPCR (thermocycler). Sepasang sekuen DNA pendek (primer) digunakan untuk menjamin spesifitas reaksi untuk menghindari kesalahan deteksi. Bahan-bahan yang digunakan dalam qRT-PCR memungkinkan setiap salinan materi genetik yang terbentuk akan mengirimkan sinyal pada sensor pada thermocycler. Sinyal yang ditangkap oleh sensor terebut dikonversi ke dalam sebuah grafik yang dapat dilihat pada sebuah monitor. Dalam metode ini terdapat kontrol guna menyimpulkan hasil akhir deteksi. Metode ini banyak digunakan karena hasilnya dapat langsung diketahui bersamaan dengan proses qRT-PCR tanpa menunggu proses tersebut selesai. Kelemahan metode ini adalah harga alat dan bahan yang mahal serta diperlukan ahli khusus dalam pengoperasiannya. Faktor tersebut menyebabkan terbatasnya jumlah laboratorium serta kapasitas deteksi SARS Cov-2 di Indonesia saat ini.
Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) adalah metode lain untuk memperbanyak (amplifikasi) materi genetik. Metode ini mulai diperkenalkan oleh Notomi et al. (2000) dua puluh tahun yang lalu untuk amplifikasi untai DNA. Keunggulan utama metode ini adalah rekasi berlangsung pada satu suhu (isotermik) sehingga tidak memerlukan peralatan mahal seperti thermocycler. Alat yang digunakan bisa berbagai macam dengan syarat dapat mempertahankan suhu secara stabil. Waterbath merupakan salah satu contoh alat yang umum dijumpai di laboratorium dan dapat digunakan dalam metode LAMP. Bahan yang digunakan mayoritas dapat disimpan pada suhu ruang dan lebih murah dibandingkan dengan bahan qRT-PCR. LAMP memiliki sensitivitas dan spesifitas yang tinggi karena menggunakan 2 hingga 3 pasang primer serta dapat diselesaikan dalam waktu kurang dari satu jam. Prosedur pengerjaan LAMP juga relatif lebih sederhana dibandingkan qRT-PCR sehingga lebih banyak orang yang dapat melakukannya. Pemanfaatan LAMP sebagai alternatif deteksi akan sangat membantu dalam percepatan deteksi penyakit COVID-19. Semakin cepat deteksi dapat dilakukan, maka akan semakin cepat pandemi ini dapat dikendalikan dan semakin banyak orang yang dapat diselamatkan.